Дисклаймер: Всё написанное ниже не претендует на истину, представляет собой опыт работы с реальной конфигурацией почтового сервера, который может помочь в подобной или похожей ситуации.

Что было: виртуальный сервер под управлением Ubuntu 18.04, на котором работает Zimbra zcs-9.0.0_ZEXTRAS_20231104.UBUNTU18_64.20231124122956. Необходимо обновить операционную систему и Zimbra, до Ubuntu 20.04 и zcs-9.0.0_ZEXTRAS_20240927.UBUNTU20_64.20241001143114 соответственно.

В качестве руководства использовалась статья А. С. Уварова "Zimbra. Обновляем операционную систему (Ubuntu Server)"*.

Предварительно было выполнено архивирование почтовых ящиков (общий объём 2,4 Тб, более 600 п/ящиков, 7% из них имеют объём свыше 20 Гб), процесс занял около 4 суток. Непосредственно перед началом процедуры останавливался почтовый шлюз, выключался маппинг почтовых портов и создавался снапшот всего сервера в состоянии СТОП.

Сценарий обновления предполагал три этапа:

• обновление ОС с Ubuntu 18.04 до Ubuntu 20.04;
• инсталляция Zimbra 9.0 2024 поверх существующей Zimbra 9.0 2023, запуск скрипта установки с ключом ./install.sh -s;
• инсталляция Zimbra 9.0 2024 поверх установленной, запуск скрипта установки без ключей ./install.sh;

Первая попытка решить задачу кавалерийским наскоком провалилась на третьем этапе, который остановился в самом начале с ошибкой 

  No such file or directory at bin/zmValidateLdap.pl line 159...

Получив сей афронт я почёл за лучшее восстановить Zimbra из снапшота в исходное, благо  время позволяло, и создать в кластере Proxmox тестовый стенд, на котором трижды прогнал сценарий обновления, пока не получил искомый результат. 

По  результатам тестов и поисков в сети выяснилось, что скрипт install.sh вольно обращается с файлом /opt/zimbra/conf/localconfig.xml, урезая его с более чем 4 Кб в нашем случае, до 69 байт. Естественно коннект к LDAP при этом не мог осуществиться вызывая ошибку, приведённую выше. Поэтому каталог /opt/zimbra/conf/ необходимо скопировать в сторону перед началом работ, чтобы восстановить оттуда оригинальный localconfig.xml после второго этапа перед третьим.

Кроме этого, для релизов Zextras  перед началом работ нужно поправить базу**  командой

sudo -iu zimbra mysql -e 'update zimbra.config set value = 111 where name = "db.version";'

Ну и для очистки совести по окончании третьего этапа заполировать от root'а

/opt/zimbra/libexec/zmfixperms

Указанные патчи позволили получить нужный результат.

-----------------------------------------------

*  https://interface31.ru/tech_it/2016/07/zimbra-obnovlyaem-ubuntu-server.html

** https://community.zextras.com/forum/zimbra-ose-9-by-zextras/upgrade-to-9-0-0p20-fails/paged/3/